Selama berabad-abad, telah terjadi perang antara manusia dan Gedoshu, makhluk yang muncul dari kedalaman dunia bawah dan menimbulkan ketakutan serta teror bagi orang-orang di sekitar mereka. Untuk melawan makhluk-makhluk ini, Kaisar Jepang menahbiskan lima klan samurai untuk melawan ancaman Gedoshu tiga ratus tahun yang lalu, membentuk Samurai Sentai Shinkenger. Para samurai ini memiliki kemampuan "Mojikara", yang memungkinkan mereka memanipulasi kanji (aksara Tionghoa) bahasa Jepang untuk memanfaatkan kemampuan dan menahbiskan diri mereka dengan elemen-elemen untuk melawan ancaman. Mereka juga menggunakan "origami" (dewa lipat) untuk melawan makhluk-makhluk "kehidupan kedua" ini, yang mengubah mereka menjadi raksasa yang mengamuk di seluruh negeri.
Selama 17 generasi, perang antara Shinkenger dan Ayakashi berlanjut, dengan sedikit penangguhan hukuman berkat pengorbanan besar dari mantan pemimpin untuk menghentikan sementara pemimpin Gedoshu, Doukoku Chimatsuri. Namun, bertahun-tahun kemudian, ketika Gedoshu kembali menyerang dan Dokoku bangkit kembali membanjiri dunia dengan air Sungai Sanzu dari dunia bawah, Takeru Shiba, pemimpin Klan Shiba ke-18, harus mengumpulkan kembali para pengikutnya untuk melawan ancaman dan melindungi dunia. Namun, ketika generasi ini menghadapi ancaman terberat dari Gedoshu, sebuah rahasia gelap mungkin menyelimuti Shinkenger seiring berlanjutnya perang.